1. 星宿名。即房星(天驷星)。《周礼·夏官·校人》：“春祭马祖，执驹。” 郑玄 注：“马祖，天駟也。《孝经説》曰：‘房为龙马。’” 贾公彦 疏：“马与人异，无先祖可寻，而言祭祖者，则天駟也，故取《孝经説》房为龙马，是马之祖。” 唐 张说 《大唐陇右监校颂德碑》：“若夫春祭马祖，夏祭先牧，秋祭马社，冬祭马步，敬其本也。” 清 彭孙贻 《拟明郊祀歌·马祖》：“马祖皇炎炎，光鋭入于汉。”
2. 海神名。 清 郁永河 《海上纪略一》：“海神惟 马祖 最灵，即古天妃神也，凡海舶危难，有祷必应。”
3. 马祖列岛 的简称。在 福建省 东部 闽江 口外，主要有 马祖岛 、 长屿山 等岛。