1. 中医名词。一般指右肾。《难经·三十六难》：“左者为肾，右者为命门。命门者诸神精之所舍，原气之所繫也，故男子以藏精，女子以繫胞。”《云笈七籤》卷五六：“右肾谓之命门。”
2. 中医名词。经络穴位名，在第十四至十五脊椎之间骨缝中，属督脉经。主治腰痛、遗精、便泄、崩漏等症。《医宗金鉴·刺灸心法要诀·奇经八脉总歌》：“腰俞阳关入命门，悬枢脊中中枢长。”《医宗金鉴·刺灸心法要诀·奇经八脉总歌》：“十六阳关十四命，三一悬枢脊中央。”原注：“十四椎下，命门穴也。”
3. 中医名词。睛明穴的别称。亦用以代指眼睛。《灵枢经·根结》：“太阳根於至阴，结於命门，命门者，目也。”
4. 相术家名词。谓面部左右当耳处。《天雨花》第八回：“黑绕太阳天庭暗，青遮口角命门昏。”